В 1990 году в честь М. К. Аммосова был назван Якутский государственный университет. В Якутске установлен памятник.
В родном селе Аммосова Хатырык Намского улуса, работает музей, посвящённый его жизни и деятельности. Ежегодно 27 апреля в День Республики на торжественные мероприятия в село выезжает правительственная делегация.
В Москве на здании представительства Республики Саха (Якутия) при правительстве РФ размещена мемориальная доска.
27 сентября 2005 года в Якутске был открыт памятник М. К. Аммосову. Авторы: скульпторы Т. И. Левина, В. Курочкин, архитектор Н. Белолюбский.
В 2008 году открыта памятная доска на бывшем здании облисполкома в г. Петропавловск (Северо-Казахстанская область).
В декабре 2012 года в центре города Бишкек к 115-летию со дня рождения установлен памятник М. К. Аммосову.